宫藤芳佳在破坏了尼乌罗伊巢的战斗中失去了魔法力501部队解散后，她回到了故乡的扶桑，过着久违的平稳生活，但是在曾经担任上官的坂本他们的安排下，她决定去欧洲的医学学校留学。海军兵学校与坂本的学生服部静夏一起再次前往欧洲的宫藤。另一方面，以前的501部队的队员们也散落到各地，过着各自的生活,不过，把宫藤的再渡欧和新的neuroi的征候做为契机，再次开始聚集。这时，在去欧洲旅行的宫藤和静夏之前，出现了强大的内卢洛伊，宫藤陷入了前所未有的最大危机